瑞士生物信息学研究所和瑞士国家实验室的研究人员分子生物学研究能力中心洛桑的肿瘤学已经开发出一种新的测试来预测乳腺癌患者对化疗的反应，这可能有助于改变未来的治疗方式。
在发表于《乳腺癌新辅助化疗耐药性预测》的一篇文章中，Pierre Farmer博士及其同事展示了反应性基质调节肿瘤表型和对治疗的临床反应的潜力。这是该领域向前迈出的重要一步，因为确定影响癌症化疗反应的因素对于提高其疗效至关重要。
这项研究最初是由临床医生、癌症生物学家和计算生物学家组成的团队共同努力解决一个非常令人困惑的问题:为什么在侵袭性(分级)、侵袭性(淋巴结状态)和激素依赖性(ER状态)方面非常相似的乳腺肿瘤，对同一种化疗的反应却不同?
皮埃尔·法默博士说:“两名乳腺癌患者对同一种化疗的反应可能非常不同，尽管从临床角度来看，她们各自的肿瘤非常相似。”“这些不同反应的原因尚不清楚。”
为了帮助找到这个问题的答案，在一项大型随机临床试验的框架内建立了一项合作研究，该试验涉及欧洲40多家不同的医院，包括英国、法国、比利时、荷兰、波兰、瑞典和瑞士的医院。该研究由欧洲癌症研究和治疗组织(EORTC)的herv
在这项试验中，从每位患者身上取下活组织检查，并将其送到理查德·伊戈教授的实验室，该实验室位于洛桑的瑞士实验癌症研究所(ISREC)，该研究在很大程度上是由国家分子肿瘤学研究能力中心(NCCR)赞助的。在洛桑，肿瘤样本的基因组物质(mRNA)被提取并在微阵列上分析，以测量数千个个体基因的表达活性模式。
同时，上述研究中的所有患者在接受基于蒽环类药物的化疗和手术切除肿瘤之前都进行了肿瘤活检-临床医生称之为新辅助化疗的方案。手术干预后，病理学家分析手术标本并确定肿瘤细胞是否仍然存在。这是一种衡量化疗效果的方法。
如果未发现肿瘤细胞，则认为患者对治疗有完全反应(定义为“完全病理反应”)。这项研究的目的是测试在化疗前对肿瘤进行的基因组分析是否能识别出一种特征，从而预测出对化疗有反应的患者。
为了完成这项任务，来自瑞士生物信息学研究所的Farmer博士、Mauro Delorenzi博士和Pratyaksha Wirapati博士开发了新的计算方法，从微阵列实验产生的大量数据中提取相关的基因模式。法默博士说:“在这项研究中，我们挖掘了基因表达数据，以找到一种特定的基因活动模式，或基因特征，这将与患者对化疗的反应有关。”
结果显示，测量肿瘤微环境生物活性的特征，也被称为反应性基质，预测了患者对治疗的反应。
研究人员发现，正是这种基质反应的强度预测了化疗的反应。法默博士继续说:“我们惊讶地发现，不是肿瘤本身，而是周围的非肿瘤组织对肿瘤的反应，这是我们预测治疗耐药性的最佳线索。”“有强烈基质反应的患者，其特征是肿瘤周围成纤维细胞数量增加，更有可能对这种特殊的化疗产生不良反应。”
法默博士继续说:“这意味着治疗的成功，肿瘤缩小或完全消失，部分是由于肿瘤及其周围环境的分子差异。”
研究人员希望有一天这一发现将有助于改变乳腺癌患者的治疗方式。事实上，在未来，如果临床医生通过一个简单的测试了解到一个特定的妇女很可能对蒽环类药物治疗没有反应，这个临床医生可能会考虑开一个替代的化疗方案。此外，这项研究表明，预测个体患者对化疗的反应是可能的，这给人们带来了希望，有朝一日，个性化治疗乳腺癌可能成为现实。
